Създаването на регионални звена за управление на зоните от мрежата Натура 2000 предлагат от Министерството на околната среда и водите с промени в Закона за биологичното разнообразие. Промените са в унисон с новия подход за управление на екологичната мрежа, мотивират се от министерството. Според природозащитника Тома Белев обаче така се създават нови възможности за корупция.
Според приетия през 2017 година нов подход за управление на зоните Натура 2000 трябва да се създадат и нови структури, които да го прилагат, гласят мотивите към готвените промени на Закона за биологичното разнообразие. Структурите включват Национален орган за управление на мрежата Натура 2000, който на практика ще бъде министърът на околната среда и водите, Национален консултативен съвет, който ще замени експертния съвет към министъра, както изцяло новите регионални звена. Именно в тях вижда проблем и природозащитникът Тома Белев: "В момента се предлага създаването на 17 нови звена, свързани с управлението на Натура 2000 към МОСВ и към РИОСВ, които ще струват на данъкоплатеца около 35 млн. лева. Тези звена нямат нито един лев, който да се планира да идва от държавния бюджет, те ще бъдат прехвърлени изцяло на бюджета на Оперативна програма "Околна среда" и оперативна програма "Добро управление". Служителите ще са с временни договори, но високо платени, поне над средното за РИОСВ. И сами си представяте как изведнъж от нищото се появяват нови 140 служители, нови 17 звена, които да се занимават с управлението на Натура 2000, доколкото към настоящия момент Регионалната инспекция по околната среда и водите няма този капацитет". Така организираната регионална система за контрол обаче според Тома Белев ще създаде предпоставки за корупция. Според него с готвените промени се премахват европейски стандарти по Натура 2000, които ще размият и целите на еко мрежата.
Друг оспорван от природозащитниците текст касае вменяването на задължението всички научни данни, свързани с натура 2000, да бъдат предоставяни първо на еко министерството. Оттам отказаха коментар с аргумента, че са описали основанията за промените в мотивите към проектозакона, които най-общо гласят, че целта на новото законодателство е то да бъде синхронизирано с новия подход за управление на мрежата. Промените са публикувани на сайта на Министерството и подлежат на обществено обсъждане в едномесечен срок.